関連会社間でのお金の移動について

手数料の正当性や妥当性等については税法も絡んできますが、ご質問の内容はどちらかというと会社法により判断するものと思います。
ご記載の内容だけでは判断いたしかねますが、Ｃ社からＢ社への手数料の支払が重要な業務上の契約として取締役会の決議事項であれば、当然、取締役会での決議を要しますので、Ａ社からＣ社に取締役が派遣されていれば当然にＡ社には知られることになります。
前述の通り、ご記載の内容では判断がし難いご質問であり、①にしても②にしてもされようとしている手数料としての資金移動について、会社法や法人税法等の様々な法令から検討する必要があると考えますので、ここでの回答には限界がありますことをご了承ください。