会社名義の定期保険を返済金にしてもよいのでしょうか？

返戻金を原資として社長様の貸付（会社から見れば借入）を返済する行為自体は特に制限はありません。金額も1000万円でなくても構いません。

ただ問題となってくるのは、会社の経理上の処理です。
まず、解約返戻金が入金したときに1000万円の【利益】が計上されます。
※これまでの保険の支払いが半損であれば、半分の約500万円が利益
※その他、保険の支払額のうち資産計上すべき金額があれば変動します。
しかし一方で社長様への返済は金額にかかわらず【費用（経費）】とはなりません。
このことから、返戻金の入金により利益計上された金額も法人税の対象となり、金額相当の税金の支払いが生じてくると思われます。

会社の当期の利益や過去の繰越欠損金の有無により税金の計算は変わってきますが、上記のことを考慮してうえで保険の解約を検討してもらえればと思います。